La misión es la razón de ser de la institución, misma que acoge las políticas y lineamientos de Fe y Alegría; nuestra misión constituye la opción pedagógica, el pronunciamiento de lo que se es, a quien se dirige, en qué forma se quiere trabajar y cómo se piensa hacerlo. La misión trata de encarnar la visión, mediante un conjunto de procesos en ella inspirados.
Fe y Alegría es un movimiento internacional de educación popular integral, promoción social y acción pública que inspirado en los valores del evangelio y partiendo de los contextos de las personas y comunidades excluidas o empobrecidas de nuestro país, busca contribuir a la transformación de la sociedad, mediante la participación y trabajo en redes.